1937年，加拿大的查斯发现在肺脏内也有肝素，甚至比肝脏还要多。于是，他从肺脏组织的提取物中分离并纯化了肝素。这一年，肝素在临床上首次用于预防血栓形成并获得成功。
1939年，布林克豪斯（Brinkhous）和他的同事发现，肝素的抗凝活性的激活是由血浆中的内源性物质介导的，这是一种血浆辅助因子，其实就是一种抗凝血酶。
30年后，1968年，Abildgaard从血浆中将这种因子提纯，称为抗凝血酶III（antithrombin III，AT-III）。
20世纪70年代，Rosenberg等人进一步阐明了肝素/AT的作用机制。AT-III是血浆中正常存在的蛋白质，可抑制内源性及共同通路中活化的凝血因子，与这些凝血因子通过精氨酸-丝氨酸肽键结合，形成AT-III-凝血因子复合物而使因子灭活。肝素相当于催化剂，可以使此反应速率加快千倍以上，进而起到抗凝血作用。
而今，肝素通常由猪小肠粘膜和猪、牛的肺中提取，已经成为了临床常用的体内、体外抗凝剂。
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